1884, июнь — август Плавание в Балтийском море в качестве флаг-капитана Практической эскадры на фрегатах «Князь Пожарский» и «Владимир Мономах».
1884, ноябрь Работа в комиссии по обсуждению вопроса «Об участии флота в обороне государства».
1885, март Выступление в Географическом обществе с докладом о течениях в Босфоре.
1885, март Назначение командиром броненосного фрегата «Князь Пожарский» и плавание на этом корабле в Балтийском море.
1885, 17 сентября Назначение командиром корвета «Витязь».
1885, октябрь Опубликование в «Записках Академии наук» труда Макарова «Об обмене вод Черного и Средиземного морей».
1886, май — 1889, июнь Кругосветное плавание на корвете «Витязь».
1887 Присуждение Академией наук неполной Макарьевской премии за труд «Об обмене вод Черного и Средиземного морей».
1890, 1 января Производство в контр-адмиралы с назначением младшим флагманом Балтийского моря.
1890, ноябрь Выступление на Всероссийском съезде естествоиспытателей и врачей с докладом «О разности уровней морей, омывающих берега Европы».
1890, сентябрь — октябрь Назначение председателем комиссии по испытанию артиллерии на броненосце «Император Александр II».
1891, 8 октября Назначение исполняющим должность главного инспектора морской артиллерии. Опубликование труда «Витязь» и Тихий океан», удостоенного в 1893 году Академией наук полной Макарьевской премии и золотой медали Географического общества.
1892 Предложение приспособления, увеличивающего бронебойную силу снарядов (так называемый «макаровский колпачок»).
1893 Поездка за границу для осмотра заводов, изготовляющих орудия и броню.
1894, февраль Назначение младшим флагманом Практической эскадры Балтийского моря.
1894, июль — октябрь Плавание на эскадренных броненосцах «Наварин» и «Гангут» и на крейсере I ранга «Рюрик».
1894, июнь Опубликование в «Морском сборнике» статьи Макарова «Разбор элементов, составляющих боевую силу судов».
1894, ноябрь Назначение командующим русской эскадрой в Средиземном море.
1895, январь — май Переход с эскадрой из Средиземного моря в Тихий океан.
1895, май — 1896, январь Соединение с Тихоокеанской эскадрой вице-адмирала С. П. Тыртова и плавание в водах Тихого океана от Владивостока до берегов Японии.
1895, декабрь Награждение орденом Анны 1-й степени.
1896, январь Назначение и.д. старшего флагмана 1-й флотской дивизии Балтийского моря.
1896, май — сентябрь Командование Практической эскадрой Балтийского моря (флаг на броненосце «Петр Великий»).
1896, август Производство в вице-адмиралы и утверждение в должности старшего флагмана на 1-й флотской дивизии.
1896, декабрь Чтение лекций в Кронштадтском морском собрании на тему: «Рассуждения по вопросам морской тактики».
1897, январь Представление докладной записки управляющему морским министерством П. П. Тыртову с проектом исследований Арктики при помощи ледоколов.
1897, 12 марта Выступление в Академии наук с докладом об исследовании Северного Ледовитого океана при помощи ледоколов.
1897, 30 марта Выступление в Географическом обществе с докладом «К Северному полюсу — напролом».
1897, июнь — сентябрь Посещение устьев рек Оби и Енисея с целью изучения ледовых условий плавания к устьям этих рек.
1897, декабрь Подписание С. О. Макаровым договора на постройку ледокола «Ермак» с фирмой «Армстронг» в Ньюкасле.