После занятия Архангельской крепости её решено было срыть и перенести в недоступное для нападения место, на высокую гору, где раньше было тлинкитское селение. Это новое укрепление стало центром управления колониями и было названо Новоархангельском. Все события, касающиеся взятия Архангельской крепости и сооружения Новоархангельска, подробно описаны Лисянским.
После зимовки в русско-американских колониях, Лисянский прибыл в Кантон, где встретился с кораблём "Надежда".
Если особые задания экспедиции в русских колониях были успешно выполнены Лисянским, то этого нельзя сказать о той части планов экспедиции, которая была связана с организацией посольства в Японию. Посольство Н. П. Резанова не увенчалось успехом. Хотя он и был окружён вниманием и всевозможными знаками почёта и уважения по прибытии в Японию, но завязать торговые отношения с этой страной ему не удалось. Причиной была та изоляция Японии от других стран, которая существовала с первой половины XVII столетия. В это время ряд западноевропейских держав пытался втянуть Японию в сферу своего колониального влияния. Португальцы, испанцы и голландцы приезжали в Японию. Вслед за ними появились католические миссионеры. Правом исключительного миссионерства в Японии, дарованным римским папой, пользовался известный иезуитский орден. Своим вмешательством в жизнь Японии миссионеры вызвали большое недовольство японского правительства.
С целью защиты независимости Японии, в 1638 году был издан закон об изоляции. Текст закона гласил: "На будущее время, доколе солнце освещает мир, никто не смеет приставать к берегам Японии, хотя бы он даже и был посланником, и этот закон никогда не может быть, никем отменён под страхом смерти". Только голландцы имели доступ в Японию, так как в Нагасакской бухте им удалось сохранить факторию на острове Десима. Правители г. Нагасаки брали с голландской фактории громадную плату. Размер этой «дани» мог меняться по произволу японцев.
Дух закона об изоляции Японии всецело отражён в ответе японского правительства, полученном Резановым по поводу русских предложений. В японской ответной грамоте сообщалось следующее: "Могущественный Государь Российский посылает посланника и множество драгоценных подарков. Приняв их, властелин японский должен бы, по обычаям страны, отправить посольство к императору России с подарками, столь же ценными. Но существует формальное запрещение жителям и судам оставлять Японию. С другой стороны, Япония не столь богата, чтобы ответить равноценными дарами. Таким образом, властитель японский не имеет возможности принять ни посланника, ни подарков". Резанову пришлось покинуть Японию без существенных результатов по выполнению своей дипломатической миссии. Он отправился оттуда в русские американские селения 6 апреля 1805 года, пробыв в Японии более полугода (с 25 сентября 1804 года). Посетив русские колонии, Резанов направился в Охотск, а оттуда через Сибирь в Петербург. Весьма вероятно, что память о неприятностях, причинённых ему Крузенштерном в начале путешествия, была причиной решения Резанова сократить своё морское плавание. Это решение оказалось для Резанова роковым. Он не вынес тяжёлого путешествия по Сибири, здоровье его было подорвано и заставляло делать частые остановки для лечения. Не добравшись до Петербурга, он умер в Красноярске 1 марта 1807 года.
После довольно долгой стоянки в Кантоне, вызванной задержками китайских властей, корабли «Надежда» и «Нева» двинулись в обратный путь. 5 августа 1806 года «Нева» благополучно прибыла на Кронштадтский рейд. Грянули пушечные салюты «Невы» и ответные залпы Кронштадтской крепости. Таким образом, «Нева» пробыла в плавании три года и два месяца. 19 августа прибыла «Надежда», которая находилась в кругосветном плавании на четырнадцать дней дольше, чем "Нева".
После окончания кругосветного плавания кораблей «Надежда» и «Нева» Лисянский был произведён в чин капитана 2-го ранга. В честь первого русского кругосветного путешествия была выбита особая медаль, которой были награждены все участники экспедиции.
После окончания экспедиции Лисянский еще в течение ряда лет продолжает службу во флоте. В 1807 году он командовал отрядом из девяти судов, крейсировавших в районе островов Готланд и Борнгольм в Балтийском море для наблюдения за английскими военными судами. Далее, в 1808 году он командовал кораблём «Эмгейтен», а в следующем, 1809, году вышел в отставку в чине капитана 1-го ранга. Выйдя в отставку, Лисянский занялся приведением в порядок своих путевых записей, которые он вёл в форме дневника во время своего трёхлетнего кругосветного путешествия. Описание его было опубликовано в 1812 году, а затем переведено самим автором на английский язык. Английское издание вышло в Лондоне в 1814 году.
Первое русское кругосветное плавание составило эпоху в истории русского флота и доставило мировой географической науке ряд новых сведений о малоисследованных странах. Целый ряд островов, которые были посещены Лисянским и Крузенштерном, были только незадолго перед тем открыты мореплавателями, и их природа, население, его обычаи, верования и хозяйство оставались почти совершенно неизвестными. Такими были Сандвичевы (Гавайские) острова, открытые в 1778 году Куком, менее чем за тридцать лет до их посещения русскими моряками. Русские путешественники могли наблюдать жизнь гавайцев в её естественном состоянии, еще не изменённую соприкосновением с европейцами. Мало были изучены и Маркизские и Вашингтоновы острова, а также остров Пасхи. Неудивительно, что описания русского кругосветного путешествия, сделанные Крузенштерном и Лиоянским, возбудили живейший интерес у широкого круга читателей и были переведены на ряд западноевропейских языков. Материалы, собранные во время путешествия «Невы» и «Надежды», представляли большую ценность для изучения первобытных народов Океании и северной части Тихого океана. Наши первые русские путешественники наблюдали эти народы в стадии родовых отношений. Они впервые подробно описали своеобразную, древнюю гавайскую культуру с её непреложными законами «табу» и человеческими жертвоприношениями. Богатые этнографические коллекции, собранные на кораблях «Нева» и «Надежда», вместе с описаниями обычаев, верований и даже языка островитян Тихого океана, послужили ценными источниками для изучения населяющих тихоокеанские острова народов.
Таким образом, первое русское кругосветное путешествие сыграло большую роль в развитии этнографии. Этому немало способствовала большая наблюдательность и точность описаний наших первых кругосветных путешественников.
Следует отметить, что многочисленные наблюдения над морскими течениями, температурой и плотностью воды, которые производились на кораблях «Надежда» и «Нева», дали толчок к развитию новой науки — океанографии. До первого русского кругосветного путешествия подобные систематические наблюдения мореплавателями обычно не производились. Русские моряки оказались большими новаторами в этом отношении.
Первое русское кругосветное плавание открывает целую плеяду блестящих кругосветных путешествий, совершённых под русским флагом. Во время этих путешествий создавались прекрасные кадры моряков, которые приобрели опыт дальнего плавания и высокую квалификацию в сложном для парусного флота искусстве навигации.
Интересно отметить, что один из участников первого русского кругосветного плавания Коцебу, плававший в качестве кадета на корабле «Надежда», впоследствии сам осуществил не менее интересное кругосветное плавание на корабле «Рюрик», снаряжённое на средства графа Румянцева.
Экспедицией на кораблях «Нева» и «Надежда» была проложена трасса нового пути в русские североамериканские колонии. Снабжение их необходимым продовольствием и товарами осуществлялось с тех пор морским путём. Эти непрерывные дальние плавания оживили колониальную торговлю и во многих отношениях способствовали развитию североамериканских колоний и освоению Камчатки.
Окрепли морские связи России с Тихим океаном, значительно развилась внешняя торговля. Рядом ценных наблюдений вдоль трасс дальних плаваний первое русское кругосветное путешествие заложило прочную научную основу трудному искусству дальнего мореплавания.
Успеху первого русского кругосветного путешествия, как мы уже говорили, немало способствовала его умелая организация, которая, в основном, была проведена Лисянским. Лисянский, несомненно, был одним из лучших морских офицеров и командиров русского флота и выдающимся человеком своего времени.
Крузенштерн характеризует Лисянского как "человека беспристрастного, послушного, усердного к общей пользе" …"имевшего как о морях, по коим нам плыть надлежало, так и о морской астрономии в нынешнем усовершенствованном её состоянии достаточные познания".
Лисянский был широко образованным человеком, прекрасно овладевшим математикой, астрономией и рядом специальных военно-морских наук. Он хорошо говорил на иностранных языках, особенно по-английски. Многочисленные упоминания о всех кругосветных мореплавателях и путешественниках, посетивших Тихий океан, его острова и побережья Америки, которые Лисянский приводит в описании своего путешествия, показывают, что командир «Невы» был также широко образован географически. Таким образом, будучи большим специалистом военно-морского дела, Лисянский в то же время обладал солидным запасом географических знаний. Его широкая географическая эрудиция и уменье обращать внимание на ряд характерных деталей показывают, что Лисянский так же основательно и хорошо провёл подготовку научной части экспедиции, как он выполнил и подготовку её материальной части. О крупных познаниях Лисянского в картографии свидетельствует изданный им в качестве приложения к описанию атлас, содержащий 12 карт, 16 рисунков, приложенных к картам, и 3 таблицы. Рисунки, сопровождающие карты, являются иллюстрациями изображённых на картах местностей, а таблицы посвящены предметам быта, оружию и постройкам островитян Тихого океана. Карты, помещённые в атласе Лисянского, частью составлены заново, частью же представляют собой результат исправлений лучших английских, французские и голландских карт того времени. Особенно много исправлений было сделано на известных в конце восемнадцатого столетия картах Маршана и Дапре де-Манвильетта, охватывающих Гаспарский (Гаспарский пролив отделяет остров Бангюа, лежащий к востоку от Суматры, от острова Биллитона.) и Зондский проливы.
Лисянский стремился не только к точности картографических изложений к описанию своего путешествия, но и к точности приведенных в атласе иллюстраций. "Долгом себе поставлю заметить, — пишет он, например, — что вид острова Тенерифа со стороны северной, находящийся в Ост-Индском и Английском атласе, весьма не походит на действительный, а потому и прилагаю свой к карте земного шара".
Составленное Лисянским описание кругосветного путешествия «Невы» рисует самого автора исключительно тонким и внимательным наблюдателем, который, не будучи естественником по образованию, дал хорошие, насыщенные материалом описания природы посещённых им мест. Он подробно характеризует флору и фауну острова Кадьяк, с большой точностью и наблюдательностью описывает кратер горы Эчком, создаёт ясное представление у читателей о пышной природе тропических островов Тихого океана.
По целому ряду мелких признаков Лисянский, как подлинный естествоиспытатель и опытный капитан, безошибочно определяет во время плавания близость земли. Находясь в открытом океане, он тщательно наблюдает за животными, рыбами и птицами, которые корабль «Нева» встречает на своём пути, и старается найти то или иное объяснение их появлению. Сделанные Лисянским описания животных и растений красочны, ясны и написаны понятным простым языком (Правда, не всегда дают возможность установить более или менее точно вид, о котором идёт речь.).
Ещё более интересны те части его труда, которые посвящены описанию быта и верований островитян Тихого океана, особенно Гавайских островов. Эти страницы по своей образности могут быть причислены к классическим трудам мировой географической литературы и читаются с захватывающим интересом.
Следует отметить, что Лисянский не оставался чуждым и вопросам языка. Он приводит целый ряд словарей жителей островов Нука-Гива, Гаваи и Кадьяка, которые, несомненно, в своё время имели большое значение для моряков дальних плаваний, посещающих тихоокеанские острова.
Не меньшее значение они имеют для этнографии, являясь ценными материалами по древней полинезийской культуре и верованиям и быту индейцев Северной Америки. Принадлежащие перу Лисянского описания гавайских храмов, человеческих жертвоприношений, подробное описание обычая «табу», рассказы о посещении короля острова Нука-Гива и много других мест написаны изумительно сочно, ярко и живо. Они с несомненностью показывают, что автор "Путешествия вокруг света на корабле «Нева» обладал крупным литературным талантом.
В труде Лисянского бросается в глаза не только его широкая эрудиция, но и разносторонность его интересов и возникавших у него в связи с путешествием вопросов. Он глубоко интересуется состоянием хозяйства и управления всех посещённых стран и делает ряд метких замечаний, аттестующих автора, как передового человека своего времени. Во время всех продолжительных остановок своего корабля Лисянский совершает экскурсии на берег с целью ознакомления с наиболее интересными местностями. Он посещает обсерваторию в Копенгагене, медные рудники в Корнвалисе, на Тенерифе знакомится с городом Санта-Крус, посещает храмы на тропических островах Тихого океана, совершает далёкую экскурсию на гору Эчком в русско-американских колониях. Лисянский отмечает бедность населения Тенерифа, ряд неудачных мероприятий португальского правительства в отношении Бразилии и высказывает соображения по поводу возможности улучшения хозяйства этой отсталой в те времена страны. Он даёт подробную историческую справку о царствовании Гаммамеи на Гавайских островах. Лисянский с большими подробностями и сочувствием описывает крайнюю бедность китайского народа и ряд жестокостей и притеснений, которым он подвергается со стороны властей. Вое эти явления Лисянский приписывал несовершенству китайских законов, но не мог еще вполне уяснить себе, что эти законы являются следствием феодальной сущности китайского государства того времени и отражают беззастенчивую эксплоатацию народа китайскими чиновниками и помещиками. Лисянский отмечает, также то тяжёлое состояние, в котором находились калоши на службе у Российско-Американской компании. Они подвергались экоплоатации и получали за свою трудную работу, доставлявшую ценные котиковые и бобровые меха, лишь предметы первой необходимости. На основании всего виденного в русско-американских колониях, Лисянский пришёл к выводу о необходимости принятия ряда мер по улучшению бытовых условий местного населения. Для этого он предлагает не употреблять на некоторых видах промыслов (для ловли птиц) стариков, так как в связи с их дряхлостью эти работы нередко заканчиваются несчастными случаями. Далее он считает необходимым оставлять в селениях во время промысловых работ часть мужчин, которые могли бы обеспечить продуктами охоты женщин и детей. Наконец, для большей безопасности промыслов Лисянский предлагает сопровождать промысловые байдарочные артели, отправляющиеся в далёкие рейсы, крупными морскими судами.
Все высказанные Лисянским соображения о положении, в котором находились местные жители русско-американских колоний, и предлагаемые им мероприятия рисуют его как человека, глубоко проникнутого идеями гуманности. Этим же чувством человечности характерно и описание островитян тропической части Тихого океана, которых он называет «дикарями» или «варварами» скорее по общераспространённому тогда обычаю, а не по свойственному в те времена многим западноевропейским путешественникам высокомерному отношению к «низшим» народам и сознанию своего превосходства.
Описания многих кругосветных путешествий, совершённых западноевропейскими мореплавателями, составлены в тоне высокомерного презрения к «диким», которых европейцы считали неизмеримо ниже себя в расовом отношении. Такая точка зрения, естественно, выражалась и в ряде насилий и грабежей местного туземного населения, которыми так прославились, например, испанские и португальские конквистадоры. Позже, в XVIII веке, тоже происходили вооружённые столкновения между европейцами и «дикими». Даже крупнейший английский мореплаватель Джемс Кук, пользующийся мировой известностью, погиб во время такого столкновения. Ничего подобного не происходило во время русских кругосветных путешествий. Гуманное отношение к жителям тропических тихоокеанских островов было для них характерным. Лисянский и Крузенштерн подали в этом отношении благородный пример другим русским кругосветным путешественникам. Эта традиция прекрасно была выражена впоследствии Ф. П. Литке, который при описании Сенявинских островов столкнулся с противодействием со стороны местных жителей. "Конечно, — пишет Литке, — мы могли бы удержать дикарей в почтительном от нас расстоянии. Для сего оставалось одно средство — дать им почувствовать силу нашего огнестрельного оружия. Но средство сие почитал я слишком жестоким и готов был лучше отказаться от удовольствия ступить на открытую нами землю, нежели купить это удовольствие ценою крови".
Не менее гуманно, чем по отношению к жителям посещённых кораблём «Нева» мест, держал себя Лисянский с членами своей команды. Глубоким пониманием важности, ответственности и значения труда матросов в успехе экспедиции проникнуто всё описание кругосветного путешествия Лисянского. Сознавая, что нормальные условия этого труда зависят от его рациональной организации, от предоставления команде разумного и своевременного отдыха, а также от качества одежды, пищи, личной гигиены и санитарного состояния корабля. Лисянский значительную часть своего времени посвящает разрешению всех этих вопросов. Он периодически осматривает и проверяет состояние продуктовых запасов, устанавливает пищевой рацион в зависимости от климата и состояния здоровья команды, предписывает ряд гигиенических мер, которые должны были способствовать укреплению здоровья матросов. Лисянский неоднократно высказывает на страницах описания своего путешествия ряд опасений перед возможностью заболеваний при резкой смене климата и прилагает все усилия, чтобы избежать на своём корабле появления цынги, которая еще в XVIII веке была бичом всех дальних плаваний и уносила в могилу обычно значительную часть личного состава кораблей. Непрестанная бдительность, проявленная Лисянским в отношении здоровья вверенных его командованию людей, дала положительные результаты. Экипаж избежал каких-либо серьёзных и длительных заболеваний, и матросы, по выражению Лисянского, "пребывали в добром здравии". Лисянский вернулся в Кронштадт с потерей всего лишь двух человек, вызванной падением с мачты одного матроса и острым желудочным заболеванием другого. Не меньшую заботу Лисянский проявлял также и в отношении предоставления отдыха своему экипажу, особенно после многодневных штормов, с которыми ему не раз приходилось бороться в открытом океане. Обычная на корабле работа во время стоянок в крупных гаванях была организована таким образом, чтобы ежедневно часть команды могла посещать берег с целью развлечения, а также "укрепления здоровья". Не меньше, чем за физическим состоянием своей команды, наблюдал Лисянский и за соблюдением дисциплины, которая являлась одним из основных условий успеха того трудного предприятия, каким во времена парусного флота было кругосветное плавание. В этом отношении очень характерно напутствие, с которым Лисянский обратился к своей команде в самом начале путешествия.
"Вышед в открытое море, — пишет он, — приказал я собрать всю команду на шканцах. Первым моим долгом почёл я представить каждому, сколь продолжительно и с какими трудностями сопряжено предпринятое нами путешествие; а потом советовал им жить между собою дружески, содержать всевозможную чистоту, а паче всего быть послушными высшему начальству".
В этой краткой речи выражена и другая, характерная для Лисянского черта, а именно то большое значение, которое он придавал развитию и укреплению дружеских отношений между всеми членами экспедиции. Глубоко понимая, что дружеская взаимопомощь и прочный мир между всеми членами команды, надолго оторванными от другого общества, являются залогом высокой дисциплины и сильного духа всего экипажа, Лисянский старался внушить эту мысль и матросам. Очень характерно, что подобное же тёплое, дружеское расположение Лисянский неоднократно высказывает в описании своего путешествия по отношению к Крузенштерну и другим членам экспедиции, находившимся на «Надежде». Казалось, что назначение Крузенштерна начальником всей экспедиции при том условии, что и он, и Лисянский находились в одинаковых чинах капитан-лейтенанта, причём Лисянский обладал большим стажем, могло бы послужить причиной для возможных недоразумений между командирами «Невы» и «Надежды». В действительности, ничего подобного не произошло. Вот что пишет по этому поводу Лисянский: "Долговременное моё с сим отличных дарований человеком знакомство, прежнее путешествие наше в Америку и в Восточную Индию, а наипаче желание быть полезным отечеству при столь важном случае были причиною, что я, невзирая на старшинство своей службы, с великою охотой согласился свершить сие толико отдалённое путешествие под его начальством, с тем однако же, что мне самому позволено было избрать для корабля, управлению моему вверенного, чиновников и морских служителей по собственному моему усмотрению""